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可结晶蛋白de novo结构解析

检测突变、截短、配体结合等
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药物的设计和优化
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案例一:
2020年3月30日,清华大学王新泉和张林琦课题组合作发表在Nature上的文章“Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor”利用X射线衍射技术,解析了新冠病毒刺突蛋白受体结合结构域(Receptor-binding domain,RBD)与人受体蛋白ACE2复合物2.45埃的高分辨率晶体结构,准确定位了新冠病毒RBD和受体ACE2的相互作用位点,揭示了受体ACE2特异性介导新冠病毒细胞侵染的结构基础,为治疗性抗体药物开发以及疫苗的设计奠定了坚实的基础[3]。

图3 SARS-CoV-2 RBD与人ACE2复合的结构
案例二:
2020年3月20日,德国吕贝克大学生物化学研究所Rolf Hilgenfeld团队在Science 在线发表题为“Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease provides a basis for design of improved α-ketoamide inhibitors”的研究论文,该研究设计并合成了拟肽α-酮酰胺,作为β冠状病毒和α冠状病毒的主要蛋白酶以及肠病毒的3C蛋白酶的广谱抑制剂。该研究报告了未结合的SARS-CoV-2 Mpro及其与α-酮酰胺抑制剂的复合物的X射线结构。根据结构,研究人员将先导化合物开发成为SARS-CoV-2 Mpro的有效抑制剂[4]。

图4 SARS-CoV-2 Mpro三维晶体结构
案例三:
CCR7属于GPCRs家族,本质上是变构性蛋白,通过调控7次跨膜结构域的胞内、胞外段实现传导信号的功能。靶向CCR7的胞内变构结合位点或许是癌症治疗的理想位点,并可能有效抑制趋化因子介导的淋巴系统的癌症转移。
2019年8月22日,来自瑞士的Roger J.P. Dawson和Joerg Standfuss在Cell杂志上发表文章“Structural Basis for Allosteric Ligand Recognition in the Human CC Chemokine Receptor 7”,通过将CCR7与蛋白Sialidase NanA进行融合表达促进CCR7结晶,得到分辨率为2.1A°的晶体结构信息[5]。

图5 CCR7与其配体Cmp2105的晶体结构
参考文献:
1. Zanotti G . Cryo-EM and X-Ray Crystallography: Complementary or Alternative Techniques?[J]. NanoWorld Journal, 2016.
2. Goodsell D S, Zardecki C, Costanzo L D, et al. RCSB Protein Data Bank: Enabling biomedical research and drug discovery[J]. Protein Science, 2020.
3. Lan J , Ge J , Yu J , et al. Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor[J]. Nature, 2020.
4. Zhang L , Lin D , Sun X , et al. Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease provides a basis for design of improved α-ketoamide inhibitors[J]. Science, 2020.
5. Jaeger K , Bruenle S , Weinert T , et al. Structural Basis for Allosteric Ligand Recognition in the Human CC Chemokine Receptor 7[J]. Cell, 2019.