Cryo-EM de novo解决方案

基于SPA技术的蛋白de novo结构解析是什么？

概念

de novo 的定义为从头结构解析，是指目标蛋白或其同源蛋白在PDB数据库中还未报道高分辨率的结构，对这类未被人解析过结构的蛋白进行结构解析，创新性高，同时项目难度也较大。包括生命科学领域结构未知的蛋白、蛋白复合物以及结构未知的药靶蛋白等。

技术流程



你为什么需要de novo结构解析服务？

追求高创新性的蛋白结构解析

揭示蛋白发挥功能过程中复杂构效机制

推进下一代抑制剂、调节剂等相关配体的设计与优化

为什么选择水木未来？

水木未来作为赛默飞亚太地区唯一战略合作伙伴，已建设完成以300kV冷冻电镜为核心的商用结构解析平台，平台配备了G3 Titan Krios 、Talos L120C 、Vitrobot 和等离子处理器等配套设施，且G3 Titan Krios 电镜配备了先进的K3相机、球差矫正器和自动化单颗粒采集软件等，
可以提供高质量的SPA结构解析服务：

自主知识产权的还原氧化石墨烯载网

适用于样本浓度较低（百纳摩左右）、性质敏感，易于变性的生物大分子、分子量较小（小至100kDa以内）的生物大分子、利用常规载网优势取向问题严重的生物大分子

轻松的样本制备

无需对样品进行结晶，直接制备冷冻玻璃态样本即可上机

极少的样品需求

一般仅需100ul，浓度2mg/mL，纯度＞95%的蛋白样品

业务流程

想知道项目是否适合做基于SPA技术的de novo结构解析？不确定如何制样、送样？
如果你想了解更多，填写基本信息后我们会主动联系您并安排一次轻松愉快的online沟通会，讨论您感兴趣的抗原抗体的可行性。

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我们的科学专家团队已经使用SPA、X-ray和MicroED技术处理了数十个项目，具有极其丰富的项目经验。我们会根据初步的沟通为您反馈关于项目启动、技术可行性和风险周期等方面的问题，并提供项目方案与报价。
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项目启动后我们以邮件形式会随时与您沟通项目进展，寄样前请您填写电子版样本信息单https://www.mingdao.com/form/14428788371248f58eae60349560e0aa

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小分子化合物会在常温真空条件下，利用Talos L120C (ThermoFisher Scientific)电镜收集衍射数据；蛋白纳米晶体在冷冻真空条件下，利用200 kV Glacios或300 kV G3i Titan Krios (ThermoFisher Scientific)电镜收集衍射数据。
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水木未来冷冻电镜中心配有先进的G3i Titan Krios™ 300 kV TEM (ThermoFisher Scientific)冷冻电镜设备，在经验丰富的科学家和操作人员的支持下，可以收集高分辨率的图像数据。为了确保数据质量，我们每周会对电子显微镜进行全面的维护，保障全年可用机时维持在300天以上。自动数据收集软件(AutoEmation和EPU/SerialEM等)使电镜能够24小时进行数据收集，同时也允许用户端实时远程监控数据收集状态。收集到的数据可以硬盘形式交付用户进行进一步处理，也可由水木未来为客户完成全套数据处理流程并将最终的三维重构交付客户。

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二维颗粒图像的分析是获取三维结构过程的开始，首先需通过图像匹配消除旋转和平移的误差，再利用类内紧致、类间离散的原则进行图像分类，最终可以对类内颗粒图像进行平均，提高信噪比，从而实现对高分辨率三维结构的构建。
对二维图像的分析包括两部分：
A.颗粒图像的匹配：
匹配的过程通常会对颗粒图像应用一些变换操作，通过关联函数去判断不同颗粒图像之间的相似程度。
B.颗粒图像的分类
随着图像匹配的完成，颗粒图像需要进行分类。算法：1.多元统计分析2.主成分分析方法
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我们为结构解析提供了一个完整的工作流程，从而实现了三维重建。该工作流包括图像获取、CTF估计与修正、颗粒挑选、2D图像分析、模型重构和优化、优化密度图像。手动建立模型是根据高分辨率低温电子密度图实现的，重建后的三维结构可以为蛋白的表面特征和内部形貌提供信息，并能达到原子级分辨率。
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我们将提供免费的技术咨询与项目评估

水木未来（北京）科技有限公司

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