Cryo-EM 蛋白小分子复合物解决方案

基于SPA技术的蛋白小分子复合物结构解析是什么？

概念

蛋白小分子复合物结构解析是重解析（Re-determination）的分支之一， 是指目标蛋白或其同源蛋白在PDB数据库中已经具有高分辨率的结构，对这类已被人解析过结构的蛋白进行结构解析难度相对较低。包括蛋白突变体、药靶蛋白与小分子化合物、蛋白蛋白复合物和蛋白核酸复合物等。

技术流程



你为什么需要蛋白小分子复合物结构解析服务？


从蛋白小分子复合物结构上解释
不同小分子之间的差异性


鉴定出蛋白小分子复合物的空间表位信息，
对小分子药申请专利保护、延长市场保护期


揭示目标蛋白小分子复合物配体结合过程中复杂的
结构和功能机制，推进下一代小分子药的研发

为什么选择水木未来？

水木未来作为赛默飞亚太地区唯一战略合作伙伴，已建设完成亚洲首家以300kV顶配冷冻电镜为核心的商用结构解析平台，平台配备了G3 Titan Krios 、Talos L120C 、Vitrobot 和等离子处理器等配套设施，且G3 Titan Krios 电镜配备了先进的K3相机、球差矫正器和自动化单颗粒采集软件等，
可以提供领先的SPA结构解析服务：

小分子计算平台


拥有超过6亿个成药性分子计算化学筛选库，可提供小分子化合物的筛选、设计、合成及活性测试等相关服务

自主知识产权的还原氧化石墨烯载网

适用于样本浓度较低（百纳摩左右）、性质敏感，易于变性的生物大分子、分子量较小（小至100kDa以内）的生物大分子、利用常规载网优势取向问题严重的生物大分子

轻松的样本制备


无需对样品进行结晶，直接制备冷冻玻璃态样本即可上机

极少的样品需求


一般仅需100ul，浓度2mg/mL，纯度＞95%的蛋白样品

业务流程

想知道项目是否适合做基于SPA技术的蛋白小分子复合物结构解析？不确定如何制样、送样？
如果你想了解更多，填写基本信息后我们会主动联系您并安排一次轻松愉快的online沟通会，讨论您感兴趣的抗原抗体的可行性。

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我们的科学专家团队已经使用SPA、X-ray和MicroED技术处理了数十个项目，具有极其丰富的项目经验。我们会根据初步的沟通为您反馈关于项目启动、技术可行性和风险周期等方面的问题，并提供项目方案与报价。
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项目启动后我们以邮件形式会随时与您沟通项目进展，寄样前请您填写电子版样本信息单https://www.mingdao.com/form/14428788371248f58eae60349560e0aa

资源 7
负染是正式进入冷冻电镜结构解析工作的第一环节，目的是通过颗粒的表征确定样品是否足够均一，以便后面对三维结构进行深入的研究（详见“负染”链接）。
冷冻制样环节，蛋白质或复合物将应用低温电子显微镜(Quantifoil)和氧化还原石墨烯载网（详见“Survey”链接）在Vitrobot进行玻璃态样本制备，收集数据前，将根据筛选的反馈结果，调整玻璃态样本制备条件。

图片参考
Gao Y , Cao E , Julius D , et al. TRPV1 structures in nanodiscs reveal mechanisms of ligand and lipid action[J]. Nature.

资源 39
水木未来冷冻电镜中心配有先进的G3i Titan Krios™ 300 kV TEM (ThermoFisher Scientific)冷冻电镜设备，在经验丰富的科学家和操作人员的支持下，可以收集高分辨率的图像数据。为了确保数据质量，我们每周会对电子显微镜进行全面的维护，保障全年可用机时维持在300天以上。自动数据收集软件(AutoEmation和EPU/SerialEM等)使电镜能够24小时进行数据收集，同时也允许用户端实时远程监控数据收集状态。收集到的数据可以硬盘形式交付用户进行进一步处理，也可由水木未来为客户完成全套数据处理流程并将最终的三维重构交付客户。

二维颗粒图像的分析是获取三维结构过程的开始，首先需通过图像匹配消除旋转和平移的误差，再利用类内紧致、类间离散的原则进行图像分类，最终可以对类内颗粒图像进行平均，提高信噪比，从而实现对高分辨率三维结构的构建。
对二维图像的分析包括两部分：
A.颗粒图像的匹配：
匹配的过程通常会对颗粒图像应用一些变换操作，通过关联函数去判断不同颗粒图像之间的相似程度。
B.颗粒图像的分类
随着图像匹配的完成，颗粒图像需要进行分类。算法：1.多元统计分析2.主成分分析方法

图片参考
Gao Y , Cao E , Julius D , et al. TRPV1 structures in nanodiscs reveal mechanisms of ligand and lipid action[J]. Nature.

资源 28
我们为结构解析提供了一个完整的工作流程，从而实现了三维重建。该工作流包括图像获取、CTF估计与修正、颗粒挑选、2D图像分析、模型重构和优化、优化密度图像。手动建立模型是根据高分辨率低温电子密度图实现的，重建后的三维结构可以为蛋白的表面特征和内部形貌提供信息，并能达到原子级分辨率。

图片参考
Gao Y , Cao E , Julius D , et al. TRPV1 structures in nanodiscs reveal mechanisms of ligand and lipid action[J]. Nature.

资源 29

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我们将提供免费的技术咨询与项目评估

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